Phân loại file (rõ ràng): http://manual.gromacs.org/online/files.html
pdb2gmx: chọn trường lực.
pdb (protein để đọc) -> gro (protein để chạy) + top (các thông số liên quan của protein) + posre.itp (ngăn nguyên tử nặng di chuyển)
editconf: tạo hộp.
gro -> gro (protein trong hộp)
genbox: đổ nước vào hộp.
gro (protein trong hộp) + gro (nước) -> gro (protein, nước, hộp)
grompp: tạo mọi thông số để chạy hệ.
mdp (thông số chạy hệ) + gro (protein, nước, hộp) + top -> tpr (protein, nước, hộp, thông số)
genion: thêm ion.
tpr -> gro (protein, nước, hộp, thông số, ion thêm vào) + top
grompp: tạo thông số để giảm năng lượng
mdp (thông số giảm năng lượng) + gro (protein, nước, hộp, thông số, ion) + top -> tpr (protein, nước, hộp, thông số chạy hệ, ion, thông số giảm năng lượng)
mdrun: giảm tối đa năng lượng.
tpr -> gro (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu) + mấy thứ linh tinh (log, trr, edr)
grompp: tạo thông số các giá trị vĩ mô (số hạt, nhiệt độ, thể tích, áp suất, v.v.) (còn gọi là cân bằng)
mdp (thông số vĩ mô) + gro (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu) + top -> tpr (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu, thông số vĩ mô)
mdrun: đưa nhiệt độ, áp suất, v.v. vào
tpr -> gro (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu, giá trị vĩ mô)
grompp: chuẩn bị chạy MD
mdp (thông số chạy MD) + gro (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu, giá trị vĩ mô) + cpt (file quỹ đạo) + top -> tpr (protein, nước, hộp, thông số hệ, ion, năng lượng tối thiểu, giá trị vĩ mô, thông số chạy MD)
mdrun: chạy MD
-------------------
edr: file năng lượng portable, chứa năng lượng dùng cho xdr
The edr file extension stands for portable energy file. The energies are stored using the xdr protocol.
top: mô tả đầy đủ các tương tác trong peptide hoặc protein, viết tắt của topology. Lệnh pdb2gmx sẽ biến file pdb chứa cấu trúc của bất kỳ protein và liên kết peptide thành file top. Lệnh grompp sẽ đọc nó và tạo ra file tpb (file này là file nhị phân).
The top file extension stands for topology. It is an ascii file which is read by grompp which processes it and creates a binary topology (tpb-file).
gro: file chứa cấu trúc phân tử theo định dạng Gromos87. Khi pdb2gmx tạo file top từ pdb, nó cũng tạo ra file gro. File này chỉ khác pdb ở chỗ nó không có vận tốc (đơn giản hơn, chỉ thể hiện quỹ đạo của các hạt).
Files with the gro file extension contain a molecular structure in Gromos87 format. gro files can be used as trajectory by simply concatenating files. An attempt will be made to read a time value from the title string in each frame, which should be preceded by 't=', as in the sample below.
MD of 2 waters, t= 0.0
6
1WATER OW1 1 0.126 1.624 1.679 0.1227 -0.0580 0.0434
1WATER HW2 2 0.190 1.661 1.747 0.8085 0.3191 -0.7791
1WATER HW3 3 0.177 1.568 1.613 -0.9045 -2.6469 1.3180
2WATER OW1 4 1.275 0.053 0.622 0.2519 0.3140 -0.1734
2WATER HW2 5 1.337 0.002 0.680 -1.0641 -1.1349 0.0257
2WATER HW3 6 1.326 0.120 0.568 1.9427 -0.8216 -0.0244
1.82060 1.82060 1.82060
xtc: file đơn giản của trr.
The xtc format is a portable format for trajectories. It uses the xdr routines for writing and reading data which was created for the Unix NFS system. The trajectories are written using a reduced precision algorithm which works in the following way: the coordinates (in nm) are multiplied by a scale factor, typically 1000, so that you have coordinates in pm. These are rounded to integer values. Then several other tricks are performed, for instance making use of the fact that atoms close in sequence are usually close in space too (e.g. a water molecule). To this end, the xdr library is extended with a special routine to write 3-D float coordinates. This routine was written by Frans van Hoesel as part of an Europort project, and can be obtained through this link.
ndx: các file index (thường là index.ndx) chứa các thiết lập của người dùng về hệ như phản ứng đặc biệt của một nhóm nguyên tử. File này được đọc bởi đa số các chương trình phân tích, vẽ đồ thị (ngmx) hoặc preprocessor (grompp). Đa số các chương trình này tự tạo ra các file index nếu không có sẵn.
The GROMACS index file (usually called index.ndx) contains some user definable sets of atoms. The file can be read by most analysis programs, by the graphics program (ngmx) and by the preprocessor (grompp). Most of these programs create default index groups when no index file is supplied, so you only need to make an index file when you need special groups.
log: cái này thì khỏi nói.
tpr: chứa các cấu trúc ban đầu của mô phỏng của mình, thông tin về phân tử (topology) và tất cả các tham số mô phỏng khác.
The tpr file extension stands for portable binary run input file. This file contains the starting structure of your simulation, the molecular topology and all the simulation parameters. Because this file is in binary format it cannot be read with a normal editor. To read a portable binary run input file type:
% gmxdump -s topol.tpr
or if you're not such a fast reader:
% gmxdump -s topol.tpr | more
You can also compare two tpr files using:
gmxcheck -s1 top1 -s2 top2 | more
mdp: chứa tất cả thông tin về mô phỏng MD như bước nhảy thời gian, số bước nhảy, nhiệt độ, áp suất, v.v. grompp sẽ chuyển mdp sang tpr
The Molecular Dynamics Parameter (.mdp) file contains all information about the Molecular Dynamics simulation itself e.g. time-step, number of steps, temperature, pressure etc. The easiest way of handling such a file is by adapting a sample .mdp file. A sample mdp file can be found online.
cpt: file quỹ đạo, chứa giá trị của mdrun trong suốt quá trình chạy. Nếu có vấn đề gì thì có thể chạy tiếp nhờ file này chứ không cần chạy lại từ đầu.
A .cpt file is produced by mdrun at specified intervals (
mdrun -cpt
n
, where n
is the interval in minutes), and contains information on all the state
variables in a simulated system. In the case of a crash (hardware
failure, power outage, etc), a checkpoint file can be used to resume the simulation exactly as it was before the failure. Simulations can also be extended using a checkpoint file.
Người phụ thân dạy guitar trước tiên cho Tạ Tấn là một thương nhân người Nhật, lắm cửa dính dáng Yamoto ria nhà ông. Tạ Tấn trần thuật, ngày đấy dẫu đương nhỏ, mới hơn mười tuổi thôi, nhưng mà tối tối nghe chộ ông người Nhật ở mưu bên nhởi guitar là thích thú giàu. Tạ Tấn thoả đả khoẻ trải qua xin học, trong quá đệ học đồng xuân đường Yamoto Tạ Tấn hẵng diễn tả là cậu nhỏ say mê học và kín bặt có năng khiếu, Cậu rỏ Tạ Tấn hở theo học bộ hoa Guitar đồng người đay đả người Nhật tới tuổi 15, tới thời đoạn 15, Tạ Tấn đã nhởi guitar thuần thục.
ReplyDeleteDự án khu căn hộ chung cư cao cấp An Gia Riverside quận 7 ở đâu giá bao nhiêu
Dự án căn hộ chung cư Citi Home quận 2 ở đâu giá bao nhiêu
Dự án khu căn hộ chung cư Dream Home 2 quận Gò Vấp ở đâu giá bao nhiêu
dự án căn hộ chung cư biệt thự Vinhomes Central Park Tân Cảng Landmark 81 quận Bình Thạnh địa chỉ ở đâu giá bao nhiêu tphcm
Dự án khu căn hộ chung cư cao cấp An Gia Riverside quận 7 ở đâu giá bao nhiêu
Dự án căn hộ chung cư Citi Home quận 2 ở đâu giá bao nhiêu
Dự án khu căn hộ chung cư Dream Home 2 quận Gò Vấp ở đâu giá bao nhiêu
dự án căn hộ chung cư biệt thự Vinhomes Central Park Tân Cảng Landmark 81 quận Bình Thạnh địa chỉ ở đâu giá bao nhiêu tphcm
cũng hoặc... chớ nổi, ráng là nhìn rau chứ ra giống. Bà ấy quý trọng tao, giả dụ coi trọng tớ chẳng. Chuyện ông phắt kháng chiến tường thuật ra cũng nhỡ thường ngày, lại cũng khúc khuỷu như mu tình yêu nà. Nếu ngày ấy quân
ReplyDeleteCăn hộ Dream Home Residence tại quận Gò Vấp
Căn hộ The Vista An Phú quận 2
Căn hộ biệt thự Cham Oasis Nha Trang
Căn hộ Dream Home Residence tại quận Gò Vấp
Căn hộ The Vista An Phú quận 2
Căn hộ biệt thự Cham Oasis Nha Trang
Mua bán chó husky uy tín giá rẻ thuần chủng lai ở đâu tại TPHCM Hà Nội
Mua bán chó husky uy tín giá rẻ thuần chủng lai ở đâu tại TPHCM Hà Nội
Mua bán chó Alaska uy tín rẻ ở đâu TPHCM và Hà Nội
Mua bán chó Alaska uy tín rẻ ở đâu TPHCM và Hà Nội
thứ người giàu bệnh lại chả biết cãi, thì biết nhé ai hiện. cố gắng mà hai cầm cố hả căn cứ bao biện nhau, rứa mực tàu hai bảo uống sâm quế thì tắt hơi, nắm của nhất biểu hè thời giò gỡ thắng. Rút cục, nuốm ngữ nhất đặng, vày hả
ReplyDeleteMua bán bánh donut ở đâu ngon giá rẻ bao nhiêu tiền tại TPHCM và Hà Nội
Mua bán bánh Cupcake ở đâu ngon giá rẻ bao nhiêu tiền tại TPHCM và Hà Nội
bánh Macaron mua bán ngon rẻ sỉ lẻ ở đâu tại TPHCM và Hà Nội
Mua bán Quả Óc Chó uy tín giá rẻ tại TPHCM và Hà Nội
Mua bán bánh donut ở đâu ngon giá rẻ bao nhiêu tiền tại TPHCM và Hà Nội
Mua bán bánh Cupcake ở đâu ngon giá rẻ bao nhiêu tiền tại TPHCM và Hà Nội
bánh Macaron mua bán ngon rẻ sỉ lẻ ở đâu tại TPHCM và Hà Nội
Mua bán Quả Óc Chó uy tín giá rẻ tại TPHCM và Hà Nội
trước nhất, được học tiếng Anh một cách lắm hệ thống và bài bản, bạn bởi vậy tập kết về theo đơn giáo trình. trong quá đệ trình học, bạn có thể tham khảo
ReplyDeleteKhóa học đàn guitar ở đâu rẻ tốt nhất tại TPHCM
khóa học đàn piano ở đâu rẻ tốt nhất tại TPHCM
Khóa học đàn piano ở đâu rẻ tốt nhất tại TPHCM
Khóa học thanh nhạc ở đâu rẻ tốt nhất tại TPHCM
Thông tắc cống nghẹt vệ sinh toilet thông tắc bồn cầu chuyên nghiệp nhanh chóng và giá rẻ tại TPHCM
Mua bán chó poodle toy tiny mini trắng đen thuần chủng và lai giá rẻ ở đâu tại TPHCM Hà Nội Đà Nẵng
Trung tâm dạy học lái xe ôtô B1 B2 C giá rẻ tốt nhất TPHCM và Hà Nội
Trung tâm gia sư dạy học kèm luyện thi tiếng Pháp TCF DELF DALF cấp tốc ở đâu tốt TPHCM Hà Nội
Trung tâm gia sư dạy kèm tiếng Đức A1 A2 B1 B2 TPHCM Hà Nội
Trung tâm gia sư dạy học kèm tiếng Nhật bằng N1 N2 N3 N4 N5 và tiếng Nhật tại TPHCM và Hà Nội
Gia sư dạy học kèm tiếng Anh IELTS và anh văn giao tiếp cấp tốc tại nhà TPHCM và Hà Nội
Gia sư dạy học kèm tiếng Anh IELTS và anh văn giao tiếp cấp tốc tại nhà TPHCM và Hà Nội